| 南京环境科学研究所>生态保护与修复研究中心 | 农业生态系统减污降碳 | 260801 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：地理学(070500)；一级学科：研究生：农业资源与环境(0903)、畜牧学(0905)、地理学(0705) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>自然保护地研究中心 | 自然保护地评估技术支撑 | 260802 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：森林保护学(090703)、野生动植物保护与利用(090705)；一级学科：研究生：生态学(0713) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>生物多样性保护与生物安全研究中心 | 遗传资源及序列信息和传统知识保护 | 260803 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：植物学(071001)；一级学科：研究生：生态学(0713) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>生态文明建设研究中心 | 生态文明建设技术支持 | 260804 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：环境科学(083001)、环境工程(083002) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>化学品污染防治及生态效应研究中心 | 化学品环境管理 | 260805 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：环境科学(083001)、环境工程(083002)、微生物学(071005)、农药学(090403) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>流域生态保护与污染防治技术研究中心 | 水生态修复 | 260806 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：环境科学(083001)；一级学科：研究生：生态学(0713) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>区域环境污染防治研究中心 | 土壤及地下水污染协同防治 | 260807 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：环境科学(083001)、环境工程(083002) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>固体废物污染防治研究中心 | 固体废物污染防治技术研究 | 260808 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：环境科学(083001)、环境工程(083002)、材料学(080502) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>新污染物治理技术研究中心 | 新污染物治理技术研究 | 260809 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：环境科学(083001)、环境工程(083002)；一级学科：研究生：生态学(0713) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |
| 南京环境科学研究所>环境管理与工程技术中心 | 土壤及地下水绿色修复工程技术研发 | 260810 | 1 | 若干 | 二级学科：研究生：环境科学(083001)、环境工程(083002) | 仅限博士研究生 | 南京市 | 详情 |